С началом войны ученым пришлось срочно пересматривать планы своих работ, перестраивать их на нужды военной поры. В начале войны многие сотрудники были призваны в армию, на флот или ушли добровольцами. Полярный институт (ПИНРО) был эвакуирован в Архангельск, а ВНИРО – в Астрахань. В первые дни войны погиб флагман советского рыбохозяйственного научного флота «Персей». 10 июля 1941 года он подвергся налету вражеской авиации и затонул у правого берега губы Эйна Кольского полуострова.
По инициативе ученых было создано направление по выработке пищевых рыбных концентратов, изучено сырье для получения такой продукции. Сушеная рыба использовалась на фронте и в тылу для приготовления супов, борщей, запеканок, солянок, котлет и других блюд. Рыбная продукция, которую поставляла отрасль во время войны армии, флоту и населению, внесла большой вклад в дело победы над врагом, а разработанные технологии успешно применялись и в послевоенное время.
