Свою историю ВНИРО ведет с 1881 года - момента организации Императорского Российского общество рыбоводства и рыболовства.
С середины XIX в. российское рыболовство стало приобретать промышленные масштабы, особенно в Волжско-Каспийском и Азовском бассейнах. Однако появлялись первые жалобы о сокращении рыбных запасов в ряде мест, поэтому были необходимы кардинальные меры по регулированию рыболовства в стране. Для разработки специальных законов требовались систематические научно-промысловые исследования.
На первом собрании Общества 21 декабря 1881 г., были избраны должностные лица правления. Председателем стал В.А. Грейг. Устав Общества гласил: «Императорское Российское Общество Рыбоводства и Рыболовства имеет целью содействовать развитию рыбоводства, рыболовства и других морских и речных промыслов в Российской Империи, а также правительственным по этой части мероприятиям». Общество издавало журнал и организовывало выставки.
В 1896 г. Общество получило высочайше утвержденные морской флаг и вымпел, а также право именоваться «Императорским».
На Белом море в 1881 году была основана Соловецкая биологическая станция. В 1899 году ее перенесли на Баренцево море как Мурманскую биологическую станцию, затем, в 1929 году она объединилась с Плавучим морским научным институтом (Плавморнин).
