Лаборатория морских и полупроходных рыб европейской части России занимается изучением биологии, распределения и численности промысловых видов рыб, которые проводят свой жизненный цикл полностью или частично в исключительной экономической зоне (ИЭЗ) Российской Федерации.

Сотрудниками лаборатории также выполняются исследования полупроходных видов рыб, которые часть своего жизненного цикла проводят в море и мигрируют в пресные воды. Совместно с региональными научно-исследовательскими организациями - ФГБНУ «ПИНРО», ФГБНУ «АтлантНИРО», ФГБНУ «АзНИИРХ», ФГБНУ «КаспНИРХ», ФГБНУ «Госрыбцентр» и ФГБНУ «НИИЭРВ», а также на основе собственных исследований лаборатория ежегодно разрабатывает биологические обоснования общего допустимого улова (ОДУ) и возможного улова и рекомендации по мерам регулирования промысла морских и полупроходных рыб европейской части России.