Родился в 1954 г. в КНР, г.Далянь. 

В 1972-1977 гг. обучался в Астраханском техническом институте рыбной промышленности и хозяйства. Работал в Управлении воспроизводства, Техническом управлении Минрыбхоза РФ (старшим и затем ведущим инженером).

В 1982 г. был переведен в ВНПО по рыбоводству (Московская обл.) в отдел внедрения и изучения передового опыта, курировал в качестве  ведущего рыбовода - наставника рыбное хозяйство Латвии и Белоруссии.

В 1974 г. поступил в очную целевую аспирантуру ВНИИПРХ.

В 1987 г. защитил кандидатскую диссертацию по сиговым рыбам.

С 1987 г. работал во ВНИИПРХе заведующим сектором разработки рецептов комбикормов.

В 1990 г. в связи с реорганизацией ВНИИПРХ работал зам.директора по научной работе в НТЦ «Аквакорм» ВНИИПРХ.

С 1992 по 2006 гг. директором НТЦ «Астаквакорм» ВНИИПРХ и АГТУ.

В период с 1987 по 1990 г. выполнял обязанности заместителя руководителя государственных координационных научных отраслевых программ Минрыбхоза СССР «Премикс» и «Лосось».

В 1995 г. Пономарев С.В. защитил докторскую диссертацию по лососевым рыбам и начал работать в АГТУ в должности профессора, а затем заведующего кафедрой «Аквакультура и водные биоресурсы» (она же базовая кафедра ЮНЦ РАН), - по настоящее время.

Одновременно он выполняет обязанности заведующего проблемной лаборатории «Криобиотехнологии в аквакультуре», директора «Инновационного центра аквакультуры АГТУ». Пономарев С.В. член Европейского общества аквакультуры (EAS), координатор от АГТУ Сети центров аквакультуры Центральной и Восточной Европы (АГТУ),  эксперт Рособрнадзора, председатель редколлегии журнала «Рыбоводство и рыбное хозяйство», инструктор дайвинга в ассоциации PADI, увлечен альпинизмом (заслуженный путешественник РФ), опубликовав более 300 научных и учебных работ, в том числе 11 монографий, 7 учебников, 5 учебных пособий, 11 руководств по разведению объектов аквакультуры, он автор 13 патентов на изобретения в области аквакультуры, опубликовал 3 книги в области географии и альпинизма, подготовил 25 кандидатов наук по научным специальностям аквакультура, ихтиология, зоотехния, водные биоресурсы.

В сферу научных интересов следует отнести осетроводство, лососеводство, фермерское рыбоводство, кормление рыбы, вопросы сохранения и регулирования запасов водных биоресурсов речных и морских экосистем.